Vùng đất Huy Giáp từ lâu đã có cư dân quần tụ. Trước Cách mạng Tháng 8 năm 1945, đây là một phần đất thuộc châu Bảo Lạc, tỉnh Cao Bằng. Châu Bảo Lạc có 2 tổng là Nam Quang và Mông Ân. Tổng Nam Quang gồm các xã Ân Quang, Yên Lạc, Thượng Yên, Yên Lạng, Nặm Quét, Cốc Pàng và Yên Đức. Trong đó, xã Ân Quang tương ứng với địa phận các xã Phan Thanh, Khánh Xuân, Xuân Trường, Hồng An và một phần đất Huy Giáp ngày nay; xã Yên Lạc tương ứng với địa phận các xã Đình Phùng, Sơn Lộ, Hưng Đạo và một phần xã Huy Giáp ngày nay. Như vậy, trước năm 1945, Huy Giáp có một phần thuộc xã Ân Quang và một phần thuộc Yên Lạc.

     Năm 1945, xã Huy Giáp được thành lập gồm ba thôn Trung Bắc (Pác Lũng), Huy Giáp (Bản Chồi) và Đình Phùng (Bản Miỏng).

     Trong quá trình phát triển, địa giới và đơn vị hành chính  của xã Huy Giáp nhiều lần được điều chỉnh.

     Năm 1985, theo Quyết định  số 221/CT-HĐBT ngày 19/08/1985 của Hội đồng Bộ trưởng, xã Huy Giáp chia tách thành hai xã là Huy Giáp và Đình Phùng. Quyết định ghi rõ: "Chia Huy Giáp thành 2 xã lấy tên là xã Huy Giáp và xã Đình Phùng. Xã Huy Giáp có diện tích tự nhiên là 7.638,77ha, trong đó đất nông nghiệp 598 ha, đất lâm nghiệp 3.335 ha với 2.505 nhân khẩu. Địa giới xã Huy Giáp: Phía đông giáp huyện Nguyên Bình, phía tây giáp xã Hưng Đạo, phía nam giáp xã Đình Phùng, phía bắc giáp các xã Phan Thanh và Hồng An..."

     Những năm đầu thế kỷ XXI, xã Huy Giáp có 20 thôn, bản là: Bản Bét, Lũng Cắm Dưới, Lũng Cắm Trên, Cốc Sỳ, Bản Ngà, Lũng Hò, Khau Trường, Pác Lũng, Phiêng Vàng, Nà Ca, Phiêng Pảng, Pù Ngào, Lũng Pèng, Lũng Lài

Lũng Khuôn, Pác Trà, Nặm Cốp, Lũng Pán, Lũng Dào và Khu chợ Lũng Pán.

     Ngày 09/09/2019, Hội đồng nhân dân tỉnh Cao Bằng ban hành Nghị quyết số 27/NQ-HĐND về việc sáp nhập, đổi tên xóm, tổ dân phố trên địa bàn tỉnh Cao Bằng. Theo đó, sáp nhập ba xóm Lũng Cắm Dưới, Lũng Cắm Trên, Lũng Lài thành xóm Lũng Cắm; sáp nhập xóm Lũng Hò vào xóm Nặm Cốp, sáp nhập xóm Chợ Lũng Pán vào Lũng Pán; sáp nhập hai xóm Phiêng Pảng và Lũng Khuôn vào xóm Pác Trà; sáp nhập hai xóm Pù Ngào và Khau Trường vào xóm Bản Ngà; sáp nhập xóm Nà Ca vào xóm Phiêng Vàng; sáp nhập xóm Lũng Dào vào xóm Pác Lũng.

     Sau sáp nhập, xã Huy Giáp gồm 9 xóm Bản Ngà, Cốc Sỳ, Lũng Cắm, Lũng Pán, Lũng Pèng, Nặm Cốp, Pác Lũng, Pác Trà và Phiêng Vàng.

      Đến năm 2020, dân số của xã Huy Giáp là 3.927 người. Dân cư gồm nhiều thành phần dân tộc hợp thành (Dao đỏ, Tày, Mông, Nùng, Kinh). Trong đó chiếm số đông là người Dao, người Tày và người Mông  cư trú trên địa bàn từ lâu đời. Những bộ phận dân cư thuộc nhiều thành phần dân tộc, đến sinh sống trên vùng đất xã Huy Giáp vào thời điểm khác nhau nhưng đã nhanh chóng hoà nhập, gắn kết xây dựng quê hương Huy Giáp giàu đẹp.